Utwór J. Brzechwy nie jest typową baśnią. Stanowi pierwszą część trzyczęściowego cyklu (następne to „Podróże pana Kleksa” i „Triumf pana Kleksa”), które łączy postać tytułowego bohatera. Składa się z wielu wątków (np. dzieje Mateusza, nauka w Akademii, przygody Adasia), odmienna jest także tematyka. Wydarzenia przedstawione w powieści mają pozornie realistyczny charakter i obracają się wokół postaci chłopców i ich nauczyciela, Ambrożego Kleksa. Wszystko dzieje się w szkole podniośle nazywanej „akademią”. Tyle, że jest to niezwykła szkoła, l niezwykła jest postać pana Kleksa.
Zajęcia mają nietypowy charakter, odbywają się poza klasą szkolną, na łonie przyrody lub w dziwnych miejscach. Chłopcy uczestniczą we wspaniałych zabawach i wycieczkach (np. do fabryki dziur i dziurek, do świata baśniowych postaci).W akademii dzieją się dziwne, czarodziejskie rzeczy. Ich inicjatorem jest nauczyciel, postać tajemnicza i zaskakująca. Potrafi robić rzeczy szalone, pozornie niemożliwe. Umie unosić się w powietrzu, powiększać przedmioty za pomocą czarodziejskiej pompki, przyrządzać smaczne potrawy z kolorowych szkiełek i farb, wysyłać własne oko w celu odnalezienia zguby, w magicznych lusterkach odczytywać sny uczniów, zmieniać swoją postać. Ma dziwne przyzwyczajenia (np. żywi się kulkami z kolorowego szkła i tabletkami na porost włosów, które popija tajemniczym zielonym płynem; przyjmuje do szkoły chłopców, których imiona zaczynają się na literę A; zjeżdża po poręczy, zamiast zwyczajnie schodzić po schodach). Już sam wygląd pana Kleksa budzi zainteresowanie. Na głowie ma czuprynę mieniącą się wszystkimi barwami tęczy. Nosi czarną brodę i pomarańczowe wąsy, na nosie zaś binokle przypominające mały rower. Ubiera się w szerokie spodnie, długi surdut koloru czekoladowego lub bordowego, żółtą kamizelkę, koszulę ze sztywnym kołnierzem oraz aksamitną kokardą pod szyją. Osobliwością jego ubioru są liczne kieszenie, w których przechowuje przeróżne magiczne rzeczy. Trudno określić wiek tego czarodzieja. Każdej nocy zmniejsza się on i kładzie spać jako niemowlę, rano zaś za pomocą powiększającej pompki odzyskuje zwykłą postać.