Akcja opowiadania toczy się w Warszawie pod koniec XIX wieku. Bohaterem jest stary, 67-letni Żyd, Mendel Gdański, od urodzenia mieszkający w tym mieście i zajmujący się uczciwą pracą w niewielkim warsztacie introligatorskim. Wszyscy znają go jako uczciwego człowieka, religijnego, wiernego swemu wyznaniu, ale też szanującego wyznawców innych religii. On sam czuje się w pełni Polakiem, Polskę uważa za ojczyznę, a Warszawę za swoje miasto. Doskonale zna małą uliczkę na Starym Mieście, z okien swego mieszkania codziennie obserwuje życie mieszkańców.„Wie, kiedy zza którego węgła wyjrzy w dzień pogodny słońce; ile dzieci przebiegnie rankiem, drepcąc do ochronki, do szkoły; ile zwiędłych dziewcząt w ciemnych chustkach, z małymi blaszeczkami przejdzie, po trzy, po cztery, do fabryki cygar na robotę; ile kobiet przystanie z koszami na starym, wytartym chodniku, pokazując sobie zakupione jarzyny, skarżąc się na drogość jaj, mięsa i masła; ilu robotników przecłapie środkiem bruku, ciężkim chodem nóg obutych w trepy, niosąc pod pachą węzełek, a w ręku cebrzyki, kielnie, liny, siekiery, piły. „Ż jednakowym szacunkiem traktuje wszystkich ludzi, a i oni również lubią go i pomagają mu w potrzebie. Żyd wychowuje samotnie dziesięcioletniego wnuka Jakuba (syna zmarłej najmłodszej córki), którego kocha ponad wszystko. Z miłością podsuwa codziennie małemu najlepsze kąski z obiadu, wypytuje o szkołę i gładzi po głowie odrabiającego lekcje chłopca. Jest z niego dumny i pragnie wychować go na dobrego obywatela kraju. Nie wstydzi się tego, że jest Żydem. Uważa, że ludzi należy sądzić po czynach, a nie ze względu na religię czy pochodzenie. Całe swoje życie poświęcił miastu, w którym się urodził, dlatego ma prawo w nim mieszkać. W rozmowie z zegarmistrzem mówi o sobie: „Un Żyd jest, w to miasto urodzony jest, w to miasto un żyje, ze swojej pracy, w to miasto ma grób ojca swego i matki swojej, i żony swojej, i córki swojej. Un i sam w to miasto kości swoje położy”. Nie zrobił nikomu nic złego, nie czuje się winny, dlatego wiadomość o rozruchach antysemickich napawa go zdziwieniem. Kiedy sąsiadki, pragnąc ochronić go od ataku ulicznej zgrai, zaproponowały mu ustawienie w oknie chrześcijańskich symboli, Żyd odmówił. Uważał, że w ten sposób wyparłby się swojej religii. Stanął wraz z wnuczkiem w otwartym oknie swego warsztatu sądząc, że rozwrzeszczany tłum uszanuje niewinność dziecka i siwe włosy starca. Nie może zrozumieć, że ludzie wyznający wiarę chrześcijańską, która nakazuje miłosierdzie wobec wszystkich bliźnich, mogą być zdolni do antysemickiej nienawiści.

Utwór J. Brzechwy nie jest typową baśnią. Stanowi pierwszą część trzyczęściowego cyklu (następne to „Podróże pana Kleksa” i „Triumf pana Kleksa”), które łączy postać tytułowego bohatera. Składa się z wielu wątków (np. dzieje Mateusza, nauka w Akademii, przygody Adasia), odmienna jest także tematyka. Wydarzenia przedstawione w powieści mają pozornie realistyczny charakter i obracają się wokół postaci chłopców i ich nauczyciela, Ambrożego Kleksa. Wszystko dzieje się w szkole podniośle nazywanej „akademią”. Tyle, że jest to niezwykła szkoła, l niezwykła jest postać pana Kleksa.
Zajęcia mają nietypowy charakter, odbywają się poza klasą szkolną, na łonie przyrody lub w dziwnych miejscach. Chłopcy uczestniczą we wspaniałych zabawach i wycieczkach (np. do fabryki dziur i dziurek, do świata baśniowych postaci).W akademii dzieją się dziwne, czarodziejskie rzeczy. Ich inicjatorem jest nauczyciel, postać tajemnicza i zaskakująca. Potrafi robić rzeczy szalone, pozornie niemożliwe. Umie unosić się w powietrzu, powiększać przedmioty za pomocą czarodziejskiej pompki, przyrządzać smaczne potrawy z kolorowych szkiełek i farb, wysyłać własne oko w celu odnalezienia zguby, w magicznych lusterkach odczytywać sny uczniów, zmieniać swoją postać. Ma dziwne przyzwyczajenia (np. żywi się kulkami z kolorowego szkła i tabletkami na porost włosów, które popija tajemniczym zielonym płynem; przyjmuje do szkoły chłopców, których imiona zaczynają się na literę A; zjeżdża po poręczy, zamiast zwyczajnie schodzić po schodach). Już sam wygląd pana Kleksa budzi zainteresowanie. Na głowie ma czuprynę mieniącą się wszystkimi barwami tęczy. Nosi czarną brodę i pomarańczowe wąsy, na nosie zaś binokle przypominające mały rower. Ubiera się w szerokie spodnie, długi surdut koloru czekoladowego lub bordowego, żółtą kamizelkę, koszulę ze sztywnym kołnierzem oraz aksamitną kokardą pod szyją. Osobliwością jego ubioru są liczne kieszenie, w których przechowuje przeróżne magiczne rzeczy. Trudno określić wiek tego czarodzieja. Każdej nocy zmniejsza się on i kładzie spać jako niemowlę, rano zaś za pomocą powiększającej pompki odzyskuje zwykłą postać.

Nowela przenosi czytelnika do dziewiętnastowiecznej Warszawy. Ukazuje kamienicę przy ulicy Miodowej, typowy dom z bramą od ulicy i ciasnym podwórkiem wewnątrz. Przez tę właśnie bramę często wchodzili kataryniarze, ubodzy mężczyźni, którzy grą na tym prymitywnym „odtwarzaczu” zarabiali na chleb, a ludziom uprzyjemniali życie. Jedno z sześciopokojowych mieszkań zajmował starszy już człowiek, pan Tomasz. W młodości prowadził aktywny tryb życia. Pracował w sądzie, a wolny czas spędzał na rozrywkach. Gdy objął stanowisko mecenasa, ustatkował się, wynajął większe mieszkanie, urządził je i zamierzał się ożenić. Niestety, chociaż bardzo podobały mu się kobiety, nie potrafił żadnej z nich wybrać na towarzyszkę życia. Z czasem zaczął przejawiać większe zainteresowanie własnym wyglądem, wygodami i spokojem.„Sam nie wiedząc kiedy, stworzył u siebie galerię sztuk pięknych, którą coraz liczniej odwiedzali ciekawi. Że zaś był gościnny, przyjęcia robił świetne i utrzymywał stosunki z muzykami, więc nieznacznie zorganizowały się u niego wieczory koncertowe, które nawet damy zaszczycały swoją obecnością.” Był wyrafinowanym estetą, znał się doskonale na sztuce i dobrej muzyce.„Na koncertach wybierał miejsca odległe od estrady, ażeby słuchać muzyki nie słysząc hałasów i nie widząc artystów. Gdy szedł do teatru, obeznawał się wprzódy z utworem dramatycznym, ażeby bez gorączkowej ciekawości śledzić grę artystów. Obrazy oglądał wówczas, gdy było najmniej widzów i spędzał w galerii całe godziny.” Dziwactwem pana Tomasza była nienawiść do katarynek. Ich dźwięk przyprawiał go o zły humor. Czuł się rozdrażniony, twierdził, że „w katarynce duch (…) przeradza się w funkcję machiny i narzędzia rozboju” a kataryniarzy nazywał rabusiami. Dlatego płacił dozorcy dodatkowe wynagrodzenie za to, by nie wpuszczał kataryniarzy na podwórko.

Akcja wydarzeń przedstawionych w utworze toczy się w Warszawie podczas okupacji, w latach 1939-1943. Autor w następujący sposób przedstawia stolicę tego okresu: „Warszawa w październiku 1939 roku była miastem grozy. Gruzy hamowały ruch na ulicach, dymiły jeszcze zgliszcza. Na jezdniach piętrzyły się barykady. Domy były bez szyb, mieszkania bez światła, bez wody, bez gazu. Zamarłej i niesamowitej ciszy ulic nie porusza zgrzyt wozów tramwajowych. Na każdym domu blizny po uderzeniach bomb i szrapneli. W słońcu przedziwnie pogodnej jesieni niezliczone tłumy ludności przelewają się jezdnią i chodnikami. Pod murami stoją pierwsi handlarze trzymający w rękach różnorodne towary.” Wraz z powrotem mieszkańców do miasta (we wrześniu większość z nich próbowała uciekać z bombardowanej stolicy) zaczyna się toczyć w miarę normalne życie. Ale także rozpoczyna się okupacyjny terror. Na ulicach spotyka się wrogie oddziały w szarozielonych mundurach. „Coraz częściej przesuwają się zielone, policyjne auta niemieckie. Rozpoczyna swą działalność gestapo. Zaczynają się pierwsze rewizje, pierwsze aresztowania.” Wśród zgliszcz i ruin miasta uruchamia się luksusowe restauracje i dancingi, przeznaczone głównie dla Niemców. Zakłady fotograficzne otwierają swoje podwoje, na ich witrynach pojawiają się zdjęcia hitlerowców. Powstaje szereg zakładów szklarskich.„Po oblężeniu domy warszawskie były całkowicie pozbawione szkieł, a zima 1939-1940 była jedną z najstraszliwszych polskich zim. Brakowało opału, ludność cierpiała okropnie.” Szklarze mieli ręce pełne roboty. Wkrótce „do świeżo oszklonych izb wracali wypędzeni z nich ludzie, (…) nagrzane piece ocieplały powietrze, (…) w tym błogim cieple wracał spokój na twarze dzieci, kobiet i mężczyzn.” Ulicami Warszawy jeździli głównie Niemcy. Ludność miejska chodziła pieszo. Wkrótce pomysłowi warszawiacy „wymyślili” riksze -dwukołowe wózki połączone z rowerem. Ciężka praca rikszarza stanowiła w tych trudnych czasach możliwość przeżycia, bowiem brakowało miejsc pracy gdy Niemcy zamknęli większość zakładów i urzędów. Trzeba było wymyślać różne sposoby zarobkowania, jak chociażby wyrabianie marmolady.

Jest to piękna opowieść wyjaśniająca, skąd na ziemi wzięła się pieśń czyli muzyka i śpiew. Okazuje się bowiem, że Bóg stworzył bardzo ładny świat, z falującymi morzami, lądami koloru czekolady, na nich góry przysypane śniegiem, u podnóża kwitnącą różnymi kolorami roślinność, zwierzęta, ptaki i ludzi, lecz zapomniał dać im głosu. Wszędzie panowała więc cisza, było niemo i smutno. Król ptaków, orzeł, również przyzwyczaił się do tej ciszy, l wszystko toczyłoby się dalej tak samo, gdyby przypadkiem orzeł nie wzbił się bardzo wysoko i nie dofrunął do nieba. Ujrzał tam, jak aniołowie z wiązki pereł biorą po jednej do ust i rozpoczynają śpiewy. Ptak zachwycił się anielskimi trelami, ze wzruszenia płakał i śmiał się. Gdy powrócił na ziemię, było mu smutno, nic z otaczających wspaniałych rzeczy nie cieszyło go. Chował się po dzikich szczytach, znikał gdzieś na całe dnie i nikt ze zwierząt nie mógł mu pomóc. Myśl o śpiewie dręczyła go do tego stopnia, że postanowił ukraść naszyjnik z pereł. Zakradł się więc do nieba, gdy aniołowie pokładli się spać, ostrym dziobem i szponami otworzył szkatułkę i wykradł sznur pieśni. Przy tym skrzywił mu się dziob i wygięły szpony. Ale nie doniósł pereł na ziemię. W powietrzu sznurek pękł i drogocenne klejnoty rozsypały się. Jedna z pereł wpadła do morza i zaczęło ono śpiewać. Inna potoczyła się w las i zaszemrał strumyk. Najwięcej z nich zostało połkniętych przez ptaki. Odtąd ich śpiew rozbrzmiewa wokół i uprzyjemnia życie. Ludzie też zyskali na tej zdobyczy. Zaczęli mówić, mogli nawet śpiewać, nieme dotąd instrumenty przemówiły. Wprawdzie perły po kilku dniach „roztopiły się i w mgle wieczornej uniosły się znów do nieba”, jednak pieśń pozostała. Orzeł okazał się Prometeuszem ludzkości. Tak jak tamten ukradł bogom na Olimpie ogień i podarował ludziom, tak ptak wzbogacił ziemię o śpiew. Ten motyw wędrowny dobroczyńcy powtarza się w mitach i legendach. Istnienie więc na ziemi śpiewu, muzyki, talentu muzycznego zawdzięczamy królowi ptaków. Trudno byłoby sobie wyobrazić życie bez świergotu małych wróbelków, radosnego oznajmiania wiosny przez skowronka, czy wieczornych trelów słowika. Smutno byłoby bez dźwięków wydawanych przez instrumenty muzyczne, czy bez pięknych pieśni, jakie zawsze towarzyszyły ludziom. Każdy z nas otrzymał perłę pieśni. Jedni, jak wielcy kompozytorzy czy artyści, większą, inni całkiem małą. Jedno jest pewne: pieśń „towarzyszy w smutku i weselu, przy pracy i w boju”.